L'eroe dei cieli: Una nuova minaccia si presenta al popolo della Terra: è l'impero di Mikene, un popolo sotterraneo che intende conquistare il pianeta e assoggettare i suoi abitanti. Mazinga Z, il grande robot pilotato dal coraggioso Koji Kabuto (Ryo, nella versione italiana) non è più attivo, poiché il giovane si è recato in America per studiare con Sayaka. Fortunatamente c'è un nuovo robot, in grado di affrontare il male: il Grande Mazinga! Più potente del suo predecessore, questo automa è stato realizzato dal dottor Kabuto, figlio di Juzo, l'inventore di Mazinga Z e nonno di Koji. Lo scienziato ha allevato un ragazzo orfano, Tetsuya, allenandolo negli anni per farne un coraggioso ed eroico pilota.
Garaliya, l'assassino delle tenebre: Garaliya, un mostro guerriero temuto anche dai soldati di Mikene viene inviato a combattere contro il Grande Mazinga. Il mostro comincia a devastare la città e anche la scuola di Shiro viene attaccata. Jun riesce a portare in salvo il piccolo e Boss cerca di occuparsi del mostro. Garaliya finge di subire, per attirare anche il Grande Mazinga che non esita ad intervenire e inizia così il combattimento. La lotta è concitata e dopo un lungo conflitto aereo, Mazinga precipita in mare, l'elemento preferito del mostro guerriero.
L'indomita Venus: L'imperatore delle tenebre è impaziente e pretende risultati concreti nella guerra ai terrestri. Il Generale Nero invia lo spirito del male Ardias e il suo mostro guerriero, disfandosi dell'attività di spionaggio del ministro Argos che aveva già provveduto a far rapire il piccolo Shiro da un'agente e che gli ha applicato una ricetrasmittente per individuare la base del Grande Mazinga.
Tetsuya ritrova Shiro ma la trasmittente rivela la posizione della base che viene attaccata. Entra in gioco anche Venus ma anche la sua base di partenza viene attaccata. Tetsuya prende il comando del Grande Mazinga e il super robot riesce ancora una volta a sconfiggere il malefico mostro guerriero.
Assalto alla Fortezza delle Scienze: Grazie al servizio di spionaggio il Generale Nero scopre l'ubicazione della Fortezza delle Scienze e invia il Generale Insetto Scarabeth che con Mikeros attacca senza pietà. Il Duca Gorgon, appostato nei pressi della fortezza, scopre il punto di decollo di Mazinga che nel frattempo ha subito una pesante sconfitta dalla base volante di Mikene. Nel frattempo un bozzolo contenente un mostro guerriero viene depositato nella foresta. Il bozzolo si schiude e il mostro comincia a fare danni. Boss interviene e viene menomato; tocca a Venus intervenire e inizialmente riesce a contrastare il nemico. Tetsuya intanto, dopo aver ricevuto le cure necessarie alla base, decolla di nuovo e costringe Mikeros alla ritirata.
L'attacco dei mostri guerrieri: Il Generale Nero invia i generali Drayato e Scarabeth per attaccare la fortezza con due mostri guerrieri. La fortezza intercetta l'attacco e il prof Kabuto decide di far uscire solo Venus, per impiegare il Grande Mazinga in caso di estrema necessità. Venus intercetta il primo mostro, giunto nei pressi della base ma anche Tetsuya deve intervenire per bloccare in nemico giunto dalle profondità marine per attaccare la Fortezza.
Boss corre in aiuto di Venus ma anche in coppia non riescono a mettere in difficoltà il mostro. Il mostro subacqueo riesce a superare Mazinga e attaccare la fortezza che risponde con missili a raffica e immergendosi in profondità. Tetsuya si riprende e stavolta per il mostro non c'è scampo. Una volta sconfitto il primo accorre in aiuto degli amici e anche il secondo mostro viene distrutto facilmente.
Tetsuya va all'inferno: Psycobear, un demone esperto di psicocinesi, possiede Tetsuya che si contorce in preda agli spasmi e alla base il prof. Kabuto e lo staff medico non capiscono di cosa si tratta. Il mostro si avvicina alla base per incrementare la sua influenza nei confronti di Tetsuya il quale preferisce combattere e uscire col Grande Mazinga. Psycobear, approfittando delle montagne, cattura e ipnotizza Boss, convincendolo a eliminare il pilota della Fortezza delle Scienze.
Il mostro attacca fisicamente la fortezza, lasciando Boss nella grotta a pugnalare sotto l'effetto del sortilegio, una riproduzione del Grande Mazinga stile magia Vodoo. Venus interviene ma viene sconfitta. Esce anche Tetsuya, in preda al dolore e la battaglia è subito dura. Venus scopre il nascondiglio di Boss e riesce a liberarlo dal maleficio e Tetsuya può combattere al 100%. Lo scontro presto volge a favore di Mazinga che distrugge il mostro e permette a Boss di rinsavire.
Il bugiardo ha paura: Un compagno di Shiro si inventa una bugia, dicendo di avere come amico un robot gigante. Il duca Gorgon, spiando gli avvenimenti, avvisa il Generale Nero che invia sulla Terra il Generale Yuri Caesar con un mostro identico all'idea del bambino. L'automa compare al parco di fronte al ragazzino ed ai suoi amici e subito cattura il piccolo, inghiottendolo nel suo corpo di ferro. Tetsuya, giunto con Shiro al parco, per vedere il robot subito si accorge della situazione e avvisa la fortezza. Jun parte all'istante con Venus mentre Tetsuya soccombe in sella alla sua moto.
Venus e Boss affrontano il robot nemico con scarsi risultati anche perché non possono attaccarlo a causa del piccolo prigioniero all'interno. Il mostro obbliga il prof. Kabuto ad uscire, pena la vita del ragazzo mentre Tetsuya viene salvato da una squadra di soccorso e riesce a salire a bordo del Grande Mazinga. Grazie ad un bel lavoro di squadra con Boss e Venus, il robot viene distrutto e il bambino salvato.
Operazione pugno atomico: Alla fortezza delle scienze il Prof. Tonda, un luminare scienziato mostra il progetto di potenziamento del pugno del Grande Mazinga. Allo stesso tempo due mostri attaccano una città vicina e Venus interviene, mentre Tetsuya è ancora impegnato col collaudo. Venus di fronte ai due avversari cade in un batter d'occhio ma entra in gioco anche Boss Robot, potenziato dai consigli del prof. Tonda. Boss tiene a bada i due avversari, quanto basta per consentire a Venus di rialzarsi. Fortunatamente termina anche il collaudo del Grande Mazinga e Tetsuya in un lampo è già sul campo di battaglia.
Mazinga, grazie ai nuovi pugni, sconfigge uno dei mostri, mentre il secondo riesce a rapire il dott. Kabuto. Tetsuya però, con un'eroica azione e sfruttando una rivalità fra i due condottieri su Mikeros, salva il professore e distrugge l'ultimo mostro.
Jun combatte per l'umanità: Una dolce ragazza di nome Cleo, serva dell'Impero delle Tenebre in grado di trasformarsi in un mostro guerriero, viene obbligata a infiltrarsi suo malgrado nella fortezza delle scienze. Durante una festa scolastica dove la ragazza è ospite, il duca Gorgon la trasforma in un mostro e si scontra con Venus, riuscendo ad intrappolarla in una sostanza vischiosa. A quel punto decide di sacrificarsi ma il duca gli ordina di attaccare la fortezza e la sua volontà viene soggiogata e comincia la battaglia. Tetsuya riesce a tornare in tempo alla base e prender i comandi del Grande Mazinga e affrontare il robot femminile. Tetsuya, dopo qualche intoppo, riesce ad abbattere il mostro e scopre in ritardo che si tratta della giovane amica conosciuta poco prima. Il duca Gorgon, intuito il fallimento, la fa esplodere fra le braccia di Tetsuya.
Il Grande Mazinga nel regno del terrore: Uno stormo di corvi attacca misteriosamente la popolazione in diverse città del Giappone. Anche la cornacchia Boss impazzisce e mette a soqquadro la Fortezza delle Scienza. Sospettando la presenza dell'Impero delle Tenebre dietro questo fenomeno, il Grande Mazinga e Venus intervengono. Boss Robot, cercando di sfuggire alla cornacchia impazzita cade vicino ad una grotta dove scopre il nascondiglio del mostro guerriero di turno: un gigantesco pipistrello che di notte emette il richiamo che ipnotizza i volatili. Dopo aver eliminato il Boss Robot si scontra con Mazinga ma la luce del sole lo costringe alla ritirata ma non prima di aver danneggiato seriamente il robot di Tetsuya...
Apri gli occhi Shiro!: Shiro, si scontra con dei teppistelli che gli rifilano una bella suonata. Da quel momento decide di allenarsi con Boss per migliorare la sua capacità combattiva. Nel frattempo, Lord Angoras invia il suo mostro guerriero nelle profondità del mare accompagnandolo con una squadra di soldati per attaccare la Fortezza delle Scienze dalle fondamenta. Tetsuya, a bordo del Grande Mazinga, parte in difesa della base e comincia il combattimento. Lo scontro finisce in parità e ognuno torna alla sua base, ma i sub di Mikene hanno piazzato delle bombe. Shiro, ritrovati i teppisti, dà loro una bella lezione di fronte alla fidanzatina, che però lo rimprovera di troppa violenza. Il robot di Lord Angoras viene rispedito ad attaccare la Fortezza: Mazinga parte per affrontarlo, ma deve vedersela prima con Mikeros che sta devastando la città. Venus e Boss sono impegnati a disinnescare le mine e tenere a bada il mostro fino all'arrivo di Tetsuya, che lo distrugge...
Bisonia colpisce duro: Al parco Fuji viene organizzata una corrida e il Generale Nero invia un mostro guerriero dalle sembianze taurine per eliminare Tetsuya che parteciperà per vincere un ricco primo premio. Boss è il primo ad entrare nell'arena ma rimedia una figuraccia con un toro mediocre. E' il turno di Tetsuya che si scontra col toro robot, trovandosi presto in difficoltà. La folla fugge terrorizzata e il toro presto si trasforma in un mostro guerriero. Il giovane torna alla base, inseguito dal nemico che con un missile lo seppellisce sotto una frana di rocce. A quel punto la base viene attaccata e Venus esce in difesa. Boss robot riesce a liberare Tetsuya mentre il mostro ha già eliminato Venus e costretto la Fortezza all'immersione. Il giovane però riesce a rientrare alla base e prendere i comandi del Grande Mazinga per affrontare il toro robot: dopo un acceso duello da torero Tetsuya riesce finalmente a eliminare la minaccia e ripristinare la pace.
Il Grande Signore contro Kenzo: Il Generale Nero viene nuovamente rimproverato per i suoi fallimenti dal Grande Imperatore delle Tenebre e decide di reagire inviando un nuovo mostro guerriero sulla città di Tokyo, per attirare il Grande Mazinga. Infatti Tetsuya parte non appena il mostro viene individuato dalla Fortezza. Ma iniziato il combattimento, arriva un secondo mostro e Mazinga soffre la superiorità numerica del nemico. Parte anche Venus, ma quando la Fortezza è senza difese, Mikeros attacca senza pietà. La fortezza cerca di prendere il largo ma viene costretta alla resa. Il personale della base si allontana coi dei motoscafi ma nel tentativo, il prof. Tonda perde la vita e Shiro viene catturato così come Boss Robot, in un goffo tentativo di salvataggio...
Salvate la Fortezza delle Scienze!: Sul mare orientale della Cina compare una tempesta, generata da Mikeros. Naturalmente è un trucco del Generale Nero per attirare Mazinga lontano dalla fortezza delle scienze per attaccarla mentre incustodita rimane prima di difese. Sfortunatamente Tetsuya esce in ricognizione per capire la causa delle maree che provocano onde giganti contro la costa. Mazinga cade in trappola: attirato sul fondo del mare viene attaccato dal mostro guerriero mentre Mikeros si dirige verso la fortezza che viene attaccata con onde di incredibile potenza distruttiva. Venus e Boss robot intervengono per salvare la fortezza mentre Tetsuya riesce a danneggiare seriamente il mostro, ma deve abbandonare il campo di battaglia per andare a salvare la fortezza. La base infatti viene salvata per miracolo, grazie a Mazinga che riesce a opporsi all'astronave nemica e scacciarla con l'aiuto di Boss e Venus, nonostante il ritorno del mostro guerriero redivivo.