Falling: Nine e Twelve sono due nuovi studenti di un liceo di Tokyo che nascondono un segreto e coinvolgeranno nei loro piani una ignara ragazza.
Call & Response: A seguito dell'attentato terroristico al Palazzo del governo, la polizia di Tokyo inizia un'indagine su vasta scala per scoprire i colpevoli.
Search & Destroy: Ritornato alla 1a sezione, Shibazaki inizia a indagare sulle misteriose Sphinx, ma i terroristi caricano un nuovo video con indovinello in rete.
Break Through: Dopo aver sventato il precedente attacco terroristico, le forze dell'ordine sono fiduciose, ma un nuovo video parla di una "bomba invisibile".
Hide & Seek: Lo scandalo causato dalla fuga di notizie della polizia giapponese ha attirato a Tokyo un nuovo avversario che renderà la vita dura alle Sphinx.
Ready or Not: Five inizia a mettere sotto pressione Nine e Twelve con un messaggio in cui annuncia un attentato fingendosi le Sphinx.
Deuce: Continua la partita a scacchi all'aeroporto di Haneda che rivelerà la posizione della bomba, ma le Sphinx dovranno uscire allo scoperto per trovarla.
My Fair Lady: Ora che Five conosce il punto debole di Nine e Twelve non aspetterà per sfruttarlo. Intanto, Shibazaki si assume la responsabilità del suo colpo di testa.
Highs & Lows: Twelve parte alla ricerca di Lisa, catturata da Five, mentre Shibazaki scopre il vero segreto del progetto Atena.
Helter Skelter: Come ultima mossa, Nine decide di costituirsi alla polizia e rivelare tutto. A un'unica condizione: che gli facciano incontrare Shibazaki.
Von: Il gran finale di Terror in Resonance, riuscirà Shibazaki a fermare l'esplosione della bomba atomica su Tokyo? E cosa ne sarà di Nine e Twelve?