Non uscite da quel tombino...: Nella loro tana sotto le strade della città, le tartarughe e il maestro Splinter sono improvvisamente attaccati da un'orda di robot del topo!
Trappola per topi: Le tartarughe scoprono la fonte dei robot del topo che hanno travolto la loro vecchia corsia: il dottor Baxter Stockman, un noto genio tecnologico/inventore, che cerca di abbandonare i topolieri come mezzo per sradicare il problema del ratto della città.
L'attacco degli acchiappa-topi: Quando l'aprile O'Neil si sveglia nella tana della tartaruga, ha grossi problemi a fronteggiare la realtà di quattro tartarughe giganti che parlano e un topo Zen. Imparerà presto l'origine delle tartarughe Teenage Mutant Ninja e si rendono conto che il loro nemico comune è Baxter Stockman e il suo esercito di topi robotici.
Arriva Casy Jones: Raphael è un po' sotterrato con i suoi fratelli e il maestro Splinter. Quando Raphael quasi batte Michelangelo in qualche sprezzatura fraterna, è evidente che Raphael deve uscire... lasciare un po' di vapore. Ma quando si riunisce con Casey Jones, un vigilante che erra un po' al diritto di giustizia, Raphael deve affrontare la realtà dei suoi modi...
La minaccia dei Nanoton: Quando uno scienziato scatena accidentalmente un mostro nanotecnologico superpotente con una mente infantile, adotta un ladro di poco tempo come figura del padre, e il caos comincia!
La spada di Tengu: Le tartarughe, che indagano su uno strano blackout, scoprono il Foot Ninja che ruba una spada cerimoniale giapponese al Metropolitan Museum of Art.
La via dell'invisibilità: Dopo che Casey Jones si è fatto un ospite indesiderato nella tana delle tartarughe, Raphael lo porta in alto per una "ghiera d'aria fresca", dove incontrano i Foot Tech Ninjas.
Angel: Durante un corso di addestramento notturno, le tartarughe e Casey Jones hanno rotto una rapina al drago viola. Una delle perplessità è l'angelo, una ragazza che Casey conosce dal quartiere che attraversa i suoi riti iniziali per diventare un drago viola.
L'uomo della spazzatura: I ragazzi hanno fatto amicizia con un gruppo di senzatetto e sono preoccupati quando iniziano a scomparire misteriosamente nella notte!
L'attacco di Shredder (prima parte): Oroku Saki (aka the Shredder) tenta di convincere Leonardo che Saki sta combattendo la buona lotta... che è là fuori con la grande tradizione di Bushido e Ninjitsu, e le tartarughe dovrebbero stare con lui.
L'attacco di Shredder (seconda parte): Le nostre quattro tartarughe si trovano di fronte al loro nemico più formidabile fino ad oggi... lo Shredder. Le tartarughe si separano l'una dall'altra durante il caos delle arti marziali e il collasso dell'edificio!
Il poco convincente Tarta-Titan: Credendo che le tartarughe possano fare molto di più per la città e ispirate dall'iconico supereroe Silver Sentry, Michelangelo decide di fare una battuta per essere un supereroe.
Avventure nel sottosuolo (prima parte): Quando l'esame di alcuni cristalli misteriosi attira l'attenzione di un mostro subterraneo, l'esplorazione sotterranea delle tartarughe porta alla luce un laboratorio per la genetica dei piedi!
Avventure nel sottosuolo (seconda parte): Dopo aver scoperto un laboratorio clandestino per la genetica dei piedi abbandonato, e venendo attaccati da creature che scavano e scavano, le tartarughe aiutano le stesse creature a cercare di riparare un campo di forza.
Avventure nel sottosuolo (terza parte): Dopo aver fatto amicizia con le creature un tempo umane in un laboratorio sotterraneo abbandonato, le tartarughe si uniscono a loro per un viaggio più profondo nella terra, dove si trovano sulle rovine di una città subterranea una volta sola.
Il re dei fumetti: Con tutte le tartarughe che vivono nell'appartamento di aprile, le cose stanno diventando un po' folli. Ma, quando ritonavir si scontra con un mostro fantastico in cantina, le cose diventano più folli.
Il ritorno di Shredder (prima parte): In un corso di addestramento Leo è agguato da un'importante forza di attacco al piede, tra cui Foot Tech Ninjas, il loro vecchio nemico Hun, e una nuova minaccia: il Foot Elite!
Il ritorno di Shredder (seconda parte): Quando il Foot Ninja attacca l'appartamento di aprile in vigore, le tartarughe lottano contro le grandi probabilità di mettere in sicurezza il Leone ferito.
Leo, torna tra noi!!: Le tartarughe, Splinter, Casey e Aprile riescono a malapena a fuggire dall'esplosione che distrugge il negozio di antiquariato. Fanno strada e si nascondono nella vecchia fattoria della nonna di Casey, ma Leonardo è gravemente ferito.
L'abominevole uomo verde: Riprendendo ancora nella fattoria della nonna di Casey, le tartarughe sentono la puntura della noia. Per fortuna, uno scienziato noto come "Monster Hunter" è venuto nella zona alla ricerca di un mostro leggendario...
Attacco a sorpresa (prima parte): Le tartarughe tornano a New York con un solo obiettivo: distruggere lo Shredder una volta per tutte.
Attacco a sorpresa (seconda parte): Le tartarughe e Splinter continuano a combattere attraverso il grattacielo del Quartier Generale del Piede, di fronte a tre malapen mutanti di Clones, un corridoio di trappole, e il Ninja Mistico.
Attacco a sorpresa (terza parte): Con Stockman che si presenta nel mezzo della battaglia finale tra i nostri eroi e lo Shredder, tutto è gettato nel caos... tanto che i nostri eroi devono unire le forze con lo Shredder e l'Unno per sconfiggere Stockman.
Due teste calde: Con Splinter misteriosamente svanito, le tartarughe si sentono frustrate, senza sapere dove cominciare a guardare. Impatient with strategizing, Raph si dirige da solo, e si mette nei guai, del tipo di folla!
Alla ricerca di Splinter (prima parte): Dopo che le tartarughe frustrate esauriranno la loro ricerca di Splinter, i loro sospetti si rivolgono ai guardiani, e il sentiero li conduce presto a un edificio non descritto, le iniziali del suo nome di società che espongono "TCRI"
Alla ricerca di Splinter (seconda parte): Le tartarughe si infiltrano con successo nel misterioso edificio TCRI, dove riescono a penetrare nel suo sanctum interno e a localizzare lo Splinter incosciente all'interno di un carro di stasi.
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