La notte del clown: Su Crystal Cove incombe la minaccia di un clown frignante armato di biberon esplosivi. Velma decide di intervenire coinvolgendo il nuovo sindaco.
La strega Baba Yaga: Russia. In una gelida notte, Velma e la ragazza Hot Dog, ossia Marcie Fleach, entrano in un museo nel quale è custodita la casa di una strega del folklore, Baba Yaga, per recuperare un oggetto bramato da Mr. E. I piani delle ragazze vengono rovinati dall'arrivo di un custode, anche se, improvvisamente, la statua di Baba Yaga prende vita.
La notte del clown II: lacrime fatali: Fred consulta lo psicologo Henklefurst per capire cosa c'è che non vada in lui, ed entrambi concludono che Daphne sia il pezzo mancante alla vita del ragazzo. Al termine della seduta, Fred lascia l'ufficio, mentre il dottore riceve la visita del Clown Gne-Gne Bebè, che lo cattura e porta via.
Gioco di ruolo: Per vendicarsi di una partita persa a un gioco di ruolo, Feist entra nei sogni dei suoi vecchi compagni e li ossessiona fino a farli arrestare.
Il mostro delle campane: In un flashback di pochi giorni prima, a Crystal Cove mette piede un "Camion delle Curiosità", il cui saltimbanco, Gene Sheppard invita tutti i presenti ad entrare e ammirare le sue opere terrificanti e mostruose, e tra le persone, vi sono anche Shaggy e Scooby.
Colpo della Polka: Nel museo d'arte di Crystal Cove, si sta tenendo una mostra dedicata alle opere moderne del facoltoso artista, Randy Warsaw, e alla quale aderiscono anche Janet, Bronson, Brad, Judy e Cassidy. Quest'ultima tenta di parlare con Brad e Judy circa la proposta di Pericles, ma i 2 si rifiutano. Randy, orgoglioso, presenta alle persone una scultura di cui è particolarmente fiero, ovvero "Il Ciarpame".
Il mistero s'infittisce: Il sindaco Nettles organizza una serata speciale per tutti i cittadini di Crystal Cove presso il cimitero per la visione di un film horror di Vincent Van Ghoul, in cui l'attore è vittima di un branco di "Ghoul della Nebbia". Tuttavia, la spensieratezza dura ben poco quando un vero "Ghoul dei Cimiteri".
La baia di cristallo: Gary ed Ethan, due calciatori della squadra del liceo di Crystal Cove, scalano il cosiddetto "Monte Diabla" per un allenamento speciale, ma d'improvviso, dal cielo, plana una creatura urlante dal nome "Dark Lilith", che fa precipitare i 2 ragazzi giù per un dirupo, facendo perdere il loro pallone fortunato.
Il Pellegrino Fustigatore: Al Bosco degli Innamorati di Crystal Cove, Dylan e Brenda, la sfortunata coppia che attrae sempre mostri di vario genere, si imbattono in un "Pellegrino Fustigatore", che li giudica e aggredisce con un martellone.
Il mistero del castello: Una famiglia ha prenotato una vacanza presso la famosa Biblioteca Burlington, posta all'interno di un tenebroso castello in mezzo alle montagne più innevate. Una figura mascherata dal dio egiziano Anubis, si presenta ai 3, ma d'improvviso si trasforma in un'orrida creatura simile ad un lupo, il che spinge la famiglia a scappare di corsa dal castello.
La città sommersa: La gang va in cerca di una fabbrica sottomarina di robot, gestita da Professor Pericle.
Il Mostrorso: Sono tutti spaventati da uno strano orso mutante che crea il panico intorno alla Destroido. Si scoprira' che e' solo una vittima.
Il mostro robot: Questa volta i ragazzi riescono a truffare la vecchia gang. Li distraggono mentre loro recuperano i pezzi del disco per comporlo una volta per tutte.
Quest X: Il mitico Blue Falcon e il suo fido assistente Cane prodigio partecipano con i nostri amici alla soluzione dell'ennesimo mistero.
Il teatro maledetto: La gang aiuta Vincent Van Ghoul nella ri-messa in scena di "L'asino che salvò Crystal Cove", dopo che è stata interrotta da una mummia.
Grigi, Rettiliani e affini: Lo sceriffo e' ossessionato dall'idea di essere rapito dagli alieni. Scoprira trattarsi dell'effetto di un'allucinazione provocata da cibi guasti.
Caccia alla Regina: Allo scopo di trovare il nascondiglio del Disco Planisferico, il Professor Pericles modifica geneticamente dei vitelli incrociandoli con api e pirana.
Ballo con gli zombie: La band di Rude Boy e degli Ska-Tastics perita anni prima in un disastro aereo, torna ad esibirsi sottoforma di zombi.
La dieta del vorace: Divora quasi tutto cio' che e' a base di glutine il Glutin Demone, un mostro che fa razzia in tutti i ristoranti e pizzerie della citta'.
Il brigante gentiluomo: Un personaggio in costume settecentesco, deruba gli automobilisti di passaggio e si porta via con galanteria le consorti dei poveri malcapitati.
Attraverso lo specchio: Nel corso di un'indagine Fred viene trascinato oltre uno specchio e si ritrova in una Crystal Cove da day after con scheletri sparsi qua e la'.
Il segreto del sarcofago: Il Mostro di Crystal Cove appare negli incubi di Scooby Doo; ora la gang investiga su quello che sta succedendo.
Il cuore del giaguaro: La gang, accompagnata dalla madre di Velma, va nello Yucatán in cerca del Cuore del Giaguaro, ma sono attaccati da un antica sacerdotessa Maya.
L'esercito dei robot: Mentre la Mystery Inc. non è presente, un terremoto porta nelle profondità della terra la gente di Crystal Cove!
Le porte dell'abisso: La Mystery Inc. deve affrontare gli stessi elementi per distruggere l'Entità Malvagia.
I misteri non finiscono mai: Nibiru arriva e Le vite di Scooby e della gang sono in pericolo, la realtà stessa è minacciata.
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