Il calice avvelenato: Attraverso la corruzione, Rodrigo riesce a farsi eleggere papa.
L'assassino: Il nuovo Papa promuove i suoi figli ad alte cariche: nomina Juan come capo dell'esercito papale, Cesare diventa cardinale e dà in sposa Lucrezia a un alleato politico.
Il Moro: L'ascesa al potere di Rodrigo ha vuotato le casse del Vaticano. Rodrigo pensa dunque a un matrimonio di convenienza per sua figlia Lucrezia, mentre i Borgia ospitano un affascinante principe turco.
Il matrimonio di Lucrezia: Il matrimonio di Lucrezia con il nobiluomo milanese si rivela disastroso a causa degli scandalosi comportamenti dei suoi famigliari. Intanto, della Rovere cerca l'aiuto dei Medici e dei Machiavelli.
I Borgia innamorati: Lucrezia, maltrattata dal proprio marito, ha una storia d'amore con un affascinante stalliere, mentre Cesare si accorda con i Machiavelli per ostacolare il piano d'invasione di della Rovere e si assicura che la baronessa Ursula diventi vedova.
Il Re francese: Della Rovere fa accordi con il re Carlo di Francia per invadere l'Italia e deporre il Papa a suo favore Intanto, Rodrigo cerca di ostacolare l'invasione attraverso un'alleanza matrimoniale con Napoli.
Morte su un cavallo verdastro: La vittoria della Francia sembra oramai essere vicina mentre le truppe francesi saccheggiano la città di Lucca e i nobili italiani si danno alla fuga.
L'arte della guerra: Papa Alessandro aspetta di conoscere il suo destino. Intanto, gli invasori catturano Lucrezia mentre fugge incinta, ma la donna riesce ad affascinare re Carlo e riceve il permesso di convincere suo fratello Juan a ritirare le truppe senza speranza.
Nessuno: Alessandro finge abilmente umiltà e riesce a salvare il suo trono, riuscendo perfino a far confessare il monarca francese. Lucrezia, intanto, dà alla luce suo figlio mentre i Borgia tramano vendetta sui loro nemici.
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