Ritorno: I tuttofare Yun e Haberu indagano su alcuni suoni provenienti da una villa abbandonata e scoprono la fonte nelle vicinanze. Nel frattempo Mei sente la stessa musica.
Attacco: Yun, Goro e il robot Jet Jaguar si scontrano con Rodan, un ostile kaiju simile a uno pterosauro. Mei si reca a Tokyo per incontrare una ricercatrice di fama mondiale.
Ferocia: Una legione di Rodan si avvicina a Nigashio. La squadra della fabbrica Otaki fa di tutto per attirarli via dalla città, ma si trova presto circondata.
Viaggio: Yun e Haberu deducono che Misakioku potrebbe essere collegato all'invasione di Rodan. Mei partecipa a una lezione a Dubai, dove la prof.ssa Li rivela nuovo materiale.
Predizione: Salunga emerge dalle profondità del centro ricerche di Upala ricoperto di polvere rossa. Altrove Yun osserva l'incredibile abilità dimostrata da Anguirus.
Mistero: Mei scopre un codice misterioso nella ricerca del professor Ashihara. La squadra Otaki partecipa agli sforzi di sterminio della città e affronta Anguirus.
Distorsione temporale: Un kaiju gigante atterra a Tokyo seguendo un gruppo di Manda. Il volo verso Londra di Mei e della prof.ssa Li è dirottato su Milano dalla polvere rossa.
Indizio: Forze di terra sotto il comando di Matsubara rispondono all'attacco di Godzilla contro Tokyo. Giunta a Londra, Mei cerca di decifrare la ricerca di Ashihara.
Morte: Godzilla continua ad avanzare su Tokyo e copre la città di polvere rossa. La squadra Otaki si precipita a salvare una persona intrappolata da un kaiju simile a un ragno.
Codifica: Di ritorno alla villa di Ashihara, Yun e Haberu tentano di decifrare la ricerca del professore utilizzando Jet Jaguar. In India, Lina porta Mei a incontrare BB.
Rilancio: Prima di andare al Computer Sovratemporale, BB mostra a Mei il Punto di singolarità. La squadra Otaki parte per Tokyo per distruggere Godzilla.
Battaglia: Mei scopre che una grande esplosione è stata causata anni fa dal computer di Ashihara. Kanoko dà a Matsubara il diagonalizzatore ortogonale da usare contro Godzilla.
Insieme: Mei, BB e Pelo 2 tentano di evitare la catastrofe, ma Salunga tende loro un'imboscata. Nel frattempo, la squadra Otaki sferra l'attacco finale a Godzilla.
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