Colui che sfidò il sole: Quando Edward e Alphonse incontrano un capo religioso che sostiene di compiere miracoli, si convincono che possa avere la pietra filosofale.
Il corpo di un peccatore: Edward e Alphonse discutono per decidere se rivelare la verità che si nasconde dietro i miracoli di Cornello, rischiando di rovinare la vita degli abitanti della città.
Mamma...: Ed e Al sono fermamente decisi a riportare in vita la madre, che durante i terribili anni della guerra era il loro pilastro e la loro forza.
Trasmutazione d'amore: Sulle tracce di un personaggio importante della loro infanzia, Ed e Al si ritrovano in una città infestata da una donna fantasma.
Auto-mail a tutta forza!: Ed e Al salgono su un treno diretto a Central City e presto si trovano a dover difendere i passeggeri, compreso il generale Hakuro, dai terroristi.
L'esame da alchimista di stato: Arrivati a Central City, Ed e Al si trasferiscono nel palazzo di Shou Tucker, l'Alchimista Intreccia-Vite, e iniziano a prepararsi per l'esame di alchimia.
La notte del pianto della chimera: Diventato un Alchimista di Stato ufficiale, Ed esamina gli esperimenti di Tucker sulle chimere e si accorge che c'è qualcosa di inquietante.
La pietra filosofale: Un disincantato Ed rinuncia alla posizione di Alchimista di Stato, mentre Winry arriva in città, rischiando di diventare la prossima vittima del serial killer.
L'orologio d'argento del cane dell'esercito: Ed e Al hanno il compito di ispezionare una piccola colonia mineraria e scoprono che gli abitanti vengono pesantemente tassati da un tiranno e dal suo Alchimista.
L'inafferrabile ladra Psiren: Nel tentativo di evitare un incontro con Mustang, Ed e Al finiscono in una piccola città e si trovano coinvolti nella caccia a una Robin Hood in gonnella.
La città dell'oro (1ª parte): Ed e Al si recano a Xenotime nella speranza di trovare la pietra filosofale, ma si imbattono solo in due ragazzi che stanno fabbricando una strana acqua rossa.
La città dell'oro (2ª parte): Ed e Al scoprono una cospirazione che vede implicato il padre dei fratelli Tringham, il suo coinvolgimento con l'acqua rossa e con l'epidemia che ha colpito Xenotime.
Fuoco contro acciaio: Ed fa rapporto a Mustang a East City, dove le voci sul dottor Marcoh e sulla pietra filosofale portano a un duello fra Ed e il colonnello.
La mano destra della distruzione: Mentre Envy si trasforma in Cornello, Ed e Al trovano Marcoh e apprendono del coinvolgimento della pietra nell'insurrezione di Ishbar.
Il massacro di Ishbar: Mentre l'Alchimista Nerboruto li difende dal caos circostante, Marcoh rivela agli Elric le terribili atrocità del massacro di Ishbar.
Le cose perdute: Mentre Marcoh ha un incontro fatale con Lust, Armstrong e i fratelli Elric vanno a Resembool ed Ed ha uno scatto d'ira quando perdono Al.
Una casa dove la famiglia ti aspetta: Mentre si riposa a Resembool in attesa delle riparazioni, Ed visita la tomba della madre e Al si mostra molto preoccupato per i ricordi che stanno sbiadendo.
Gli scritti di Marcoh: Ed e Al devono cercare un'altra biblioteca dove trovare il libro di Marcoh, dopo che Lust, Gluttony e Scar hanno bruciato e raso al suolo la First Branch Library.
Gli abissi della verità: Ed e Al rimangono inorriditi quando scoprono il materiale principale della pietra filosofale, ma proseguono l'esplorazione di un laboratorio abbandonato.
Le anime dei guardiani: Alcune avarie nell'armatura rendono difficile per Ed e Al il confronto con delle anime torturate collegate a corazze vuote.
Bagliore rosso: Barry dà il via a una serie di esplosioni che liberano inavvertitamente Greed e gli altri prigionieri, mentre Tucker ritorna dal mondo dei morti con una nuova forma.
Uomini artificiali: Assumendo le sembianze di Basque Grand, Envy raccoglie ilmateriale umano necessario a creare la pietra, mentre Maes Hughes salva ifratelli Elric dal Laboratorio 5.
Cuore d'acciaio: Edward sconvolge Winry con il suo silenzio e Alphonse decide di affrontare Edward, rivolgendogli alcune domande sulle anime artificiali.
Falsi ricordi: Alphonse scappa e si trova faccia a faccia con Scar, che si nasconde fra i rifugiati di Ishbar, perseguitati dai mercenari.
Cerimonia d'addio: Quando Ed e Al mettono Winry sulle tracce di Scar per saperne di più sulla pietra, scoprono che esiste un legame fra il Laboratorio 5 e la guerra di Ishbar.
Le sue ragioni: Quando Ed, Al e Winry arrivano a Rush Valley per recuperare gli automail, Mustang è convinto che il responsabile della morte di Hughes sia un alto ufficiale.
L'insegnante: Edward e Alphonse temono per la loro vita quando si trovano davanti la loro ex insegnante, Izumi Curtis, che li riporta a Dublith.
Tutto è uno. Uno è tutto: Izumi lascia Ed e Al sull'isola di Yock, dove li ha trovati la prima volta, per dare loro una lezioni di vita e invitarli a riflettere.
Un bambino innocente: Edward e Alphonse scopre che il ragazzo trovato sull'isola di Yock è al tempo stesso un alchimista, un homunculus e un trasformista.
Assalto al quartier generale del sud: Mentre l'esercito cattura il misterioso ragazzo dell'isola di Yock e lo mette in carcere, Yoki riesce a individuare Scar fra un gruppo di ishbaliani.
Il peccato: Envy si traveste da Bradley e strappa il piccolo homunculus a Izumi. Intanto il ragazzo si ricorda del passato, dopo aver mangiato alcuni frammenti della pietra.
Dante della selva oscura: Izumi combatte con Ed e Al contro Wrath, un nuovo homunculus che cerca i resti del corpo di Edward per diventare umano.
La cattura di Al: Quando Martel prende l'armatura di Al e lo porta al quartier generale di Greed, tocca a Izumi ed Edward correre in suo aiuto.
La teoria di Greed: Con Ed, Izumi e Sig sotto la sua custodia, il tenente colonnello Archer reintegra Shou Tucker come Alchimista di Stato e ordina ai suoi uomini di dare la caccia a Greed.
Gli stolti si ritrovano: Mentre Edward e Alphonse si dirigono verso Ishbar con Winry, Lust è seduta in un ristorante dove all'improvviso entra un uomo legato al suo passato.
Il peccatore che è in me: Ed e Alphonse sperano di saperne di più sulla pietra filosofale dando una mano a un gruppo di rifugiati ishbaliani inviati nel profondo sud.
Il sottotenente all'attacco - Il mistero del magazzino numero 13: Mentre indaga su Mustang, il tenente Havoc ordina a Falman di trovargli una ragazza. Più tardi, Mustang si trova a indagare sul Deposito 13.
Nella corrente del fiume: Dopo una violenta discussione fra Ed, Winry e Al, quest'ultimo s'imbatte in un volto familiare, mentre Winry decide di indagare sull'omicidio di Hughes con Sheska.
La guerra civile dell'Est: Kimblee viene nominato Alchimista di Stato e conduce le truppe a Liore, dove Scar sta scavando con una grossa pietra.
Cicatrici: Il settimo e ultimo homunculs viene finalmente rivelato a Liore, quando Lust e Gluttony intervengono in uno scontro fra Edward e Scar.
Santa madre: Con l'aiuto della Santa madre Rose, Scar istruisce gli abitanti di Liore affinché evitino ogni forma di violenza in attesa dell'arrivo dei soldati in città.
Senza sapere il suo nome: Con Ed impegnato a soccorrere gli abitanti di Liore, Scar è l'unico in grado di aiutare Alphonse quando la sua armatura inizia a trasformarsi in un congegno esplosivo.
Il cane randagio è fuggito: Mentre i fratelli Elric fuggono da Liore, Winry incontra uno strano individuo a Resembool, che le viene poi presentato come il padre di Ed e Al.
Hohenheim della luce: Mentre Hohenhelm della Luce affronta il capo degli homunculus, Lyra e Rose trovano una scala segreta all'interno di una vecchia chiesa.
Ciò che fa marcire il cuore: Una storia complessa e ingarbugliata prende vita quando Van Hohenheim combatte contro Dante, leader degli Homunculus.
Trasmutazione umana: I due fratelli sono in pericolo, quando vengono separati, Ed ritorna a casa di Dante in cerca di indizi e Al incontra Shou Tucker.
Il sigillo dell'homunculus: Wrath è convinto che la sua vera madre sia Sloth, impegnata a combattere contro Shou. Intanto Ed si rende conto che Al è stato raggirato da Tucker.
Addio: Armstrong scatena una rivolta contro il Führer al confine settentrionale, mentre Ed e Izumi sfidano gli homunculus ancora presenti a Central City.
Oltre la porta: King Bradley torna a casa con un regalo per il compleanno del figlio, Edward incontra Russell in una chiesa abbandonata e Maria e Denny arrivano ad aiutare Izumi.
Morte: Edward Elric si ritrova oltre il Cancello durante la Prima guerra mondiale, mentre Roy Mustang affronta Pride, l'homunculus suo nemico.
Monaco di Baviera 1921: Edward Elric si rende conto di dover compiere il sacrificio supremo se vuole riportare in vita suo fratello. Invece Hawkeye riesce a sfuggire ai suoi carcerieri.
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