San Jose: 15 mesi dopo gli eventi a Arctic Biosystems, il nuovo gruppo CDC con l'aggiunta del biotossicolologo Kyle Sommer risponde a un potenziale focolaio di Windjammer nel Pacifico settentrionale. La loro ricerca li conduce ad un'isola occupata da un misterioso culto guidato dal carismatico Michael. Nel frattempo, 30 anni in futuro, Walker arriva nella stessa isola alla ricerca di Alan Farragut.
L'isola dei misteri: La squadra del CDC continua a indagare sull'isola; allo stesso tempo, scopre il fratello di Peter, Alan, è un membro del culto del fratello Michael, e i suoi avvertimenti per lasciare l'abbazia alle orecchie sorde.
Discendente: Peter e Jordan lasciano la sicurezza dell'abbazia per recuperare alcuni esemplari e scoprire ciò che vive nel bosco, mentre sorella Amy complotta per farli partire per sempre.
L'eredità: Mentre Michael lotta per tenere sotto controllo l'abbazia, il gruppo CDC si avvicina al controllo della fonte dell'agente patogeno. Alan combatte il bisogno di ricongiungere la sua squadra e affronta la realtà delle fedeltà di Peter. In futuro, Walker tenta disperatamente di fuggire dal padre delirio, con conseguenze potenzialmente mortali.
Dimenticatoio: Michael locks Peter e Alan in una fossa. Alan scappa e scopre che Kyle ha un suo segreto. Agnes rivela una verità scioccante a Michael, che la accusa di dubitare di lui. In futuro, Caleb scopre l'inganno di Walker e prende le cose nelle sue mani.
Alberi da frutto: Amy crea un focolaio di malattia. Michael tormenta Peter nella fossa. Alan, Jordan e Kyle scoprono la verità sulla catena alimentare dell'abbazia. Una rivolta all'abbazia minaccia la sicurezza dei non infetti. Nell'attuale Parigi, Balleseros incontra un improbabile immortale.
Impollinazione incrociata: Man mano che Peter ottiene un nuovo compagno di cella, Michael agisce in modo estremo quando i suoi seguaci cominciano a mutilare.
La ricerca: La guardia costiera arriva sull'isola per portare il gruppo CDC in un'altra isola per affrontare un'altra epidemia di agente patogeno. Nel frattempo, sorella Amy deve affrontare il fratello Michael e i suoi piani.
Ectogenesi: Alan, Kyle e Winger perquisiscono i boschi per l'albero con la zaffitta rossa che potrebbe essere una cura per l'agente patogeno.
L'accordo: L'abbazia diventa una casa di orrori mentre Kyle lotta con la sua infezione e Anne inizia a dare forma a un successore di Michael.
Piano B: La marina si prepara ad attuare il piano B, una soluzione definitiva per garantire che il virus e tutti quelli che ne sono stati infettati non lo facciano mai.
Il dipinto: I non infetti si nascondono in un bunker segreto sulla base, mentre il CDC tenta di recuperare i contenitori con il virus e la cura, mentre gli assassini di Ilaria catturano Hatake e lo obbligano a scegliere tra chi dei suoi figli ucciderà prima.
Un mondo nuovo: Kyle salva il dottor Sarah Jordan mentre Alan Farragut combatte suo fratello, Peter Farragut.
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