Parte 1: In un'afosa notte di giugno, sparisce l'adolescente di Città del Vaticano Emanuela Orlandi. Poi le parole di Papa Giovanni Paolo II e una strana telefonata complicano le cose.
Parte 2: Un promettente indizio in un convento del Lussemburgo risulta essere un vicolo cieco. Dieci anni dopo, emerge uno sconvolgente legame tra il Vaticano e la mafia.
Parte 3: Un uomo si fa avanti sostenendo di aver organizzato il rapimento di Emanuela, ma più fatti rivela, più la sua credibilità è messa in dubbio.
Parte 4: Dopo lo scandalo di Vatileaks, un giornalista scopre nuove prove che suggeriscono che il Vaticano abbia nascosto informazioni riguardo alla sorte di Emanuela.