Frammentazione: Viaggiando indietro nel tempo dal 2043 al 2015, James Cole chiede aiuto alla virologa Cassie Railly per rintracciare un ex agente della NSA e fermare un'epidemia.
L'antro della follia: Jones è convinta che il collegamento con l'esercito delle 12 scimmie sia da ricercare in un ospedale psichiatrico e manda Cole nel 2015 a indagare.
La sindrome di Cassandra: Cole interroga il dottor Henri Toussaint, l'unica persona, oltre a Jennifer, a sapere della stanza della notte e del luogo in cui si trova il virus.
ATARI: Jones, Cole e Ramse lottano per salvare la macchina del tempo, quando il suo santuario viene invaso da un gruppo di vecchie conoscenze.
La stanza nella notte: Il comportamento frettoloso di Jones e Cole preoccupa Ramse. Cole torna nel 2015 per investigare sulla stanza della notte.
Una foresta rossa: Bloccato in un loop temporale, Cole deve uscire dalla realtà alternativa del 2043 e unirsi ad Aaron per impedire l'omicidio di Cassie e ripristinare la linea temporale.
Le Keys: Cole, Cassie e Aaron iniziano a cercare il collegamento della CIA all'operazione Cavallo di Troia. La dedizione di Cassie alla missione viene messa alla prova.
Ieri: Jones e Ramse, demoralizzati per la scomparsa di Cole, tramano per ottenere un nucleo energetico con cui alimentare la macchina del tempo. Cassie cerca Cole nel 2015.
Domani: Ancora bloccato nel 2017, Cole vede in TV il comunicato di Cassie sull'epidemia. Tornato nel 2043, Jones respinge le accuse di Foster su una cura.
Mossa divina: Ramse e Cole restano in disaccordo sul modo migliore per proteggere il futuro. Cole torna nel 2015 alla ricerca del dottore che ha creato il virus.
Shonin: Nella Tokyo del 1987 si verificano eventi di vasta portata. Gli amici diventano nemici e qualcuno sembra trionfare, assicurando la diffusione del virus.
Paradosso: Mentre Cole, ferito, finisce nel 2015, tocca a Cassie e a una giovane Jones ordire un piano per far rivivere James.
These arms of mine: Libero arbitrio e destino si scontrano quando le azioni di Cole minacciano di minare l'esercito e un nuovo viaggiatore del tempo entra in scena.
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