Un nuovo inizio - Parte prima: 1991, Camp Pendleton: ancora traumatizzato dalla recente perdita della moglie e della figlia, un giovane Leroy Jethro Gibbs riesce a entrare nel nascente ufficio N.l.S. agli ordini della leggenda dell'N.C.I.S. Mike Franks.
Un nuovo inizio - Parte seconda: Il cecchino misterioso, appostato in una stanza d'hotel, miete altre tre vittime durante la notte. Dopo aver sorpreso Bugs, lo spacciatore di Melanie, nella stanza in cui si era appostato il cecchino, Franks lo sottopone ad un duro interrogatorio
L'uomo falena: In una riserva naturale, vengono ritrovati un cadavere e delle uova di plastica riempite di marijuana. Franks, convinto da Jackson, mette Gibbs in panchina, ma il "pivello" fa di testa propria e partecipa attivamente all'indagine.
Non tutto è perduto: Viene ritrovato il cadavere di una donna, Briana Davis, fidanzata del sergente maggiore Jones, al momento in missione all'estero. E la figlia del Sergente, di cui la donna si occupava, è misteriosamente scomparsa.
Il giorno del giudizio: Sta per essere giustiziato un uomo, reo confesso di aver ucciso sua moglie ed il suo amante sei anni prima. Per mantenere una promessa fatta alla sorella gemella della vittima, Franks fa lavorare al caso tutta la squadra.
In gabbia: Viene ritrovato il corpo senza vita di un sottufficiale con un Calibro 38 nella mano sinistra, ma l'ipotesi di suicidio viene presto smentita dalla dottoressa Friedman.
La guarigione: Viene ritrovato il cadavere di un'anziana donna in una scarpata. Soffriva di demenza e la prima ipotesi è che si sia allontanata da casa e che sia stata aggredita. Nel frattempo, in casa di Gibbs, entra un uccellino bisognoso di cure.
Mai più segreti: Il cadavere di Padre Larkin viene ritrovato in chiesa. In realtà i tre proiettili, sparati da una vecchia Colt, erano indirizzati a Padre Bobby: avrebbe dovuto esserci lui nel confessionale e per questo viene messo sotto protezione.
Vivo o morto: Alla sede dell'N.I.S. viene portato il marinaio Nathan Porter, è ubriaco e ha dei graffi sulle braccia. Non ricorda nulla, ma pronuncia il nome di un locale di Tijuana, "La Puerta Gris". Lala e Gibbs partono alla volta del Messico.
Episodio 10: Gibbs, che fatica a riconquistare la fiducia di Lala, riceve una telefonata da parte del figlio di Ruth, che gli comunica che la donna è morta. Inizia un viaggio a ritroso nel tempo e nei ricordi.
Il volo di Icaro: Il capitano Cameron Reid viene trovato morto nel suo appartamento. Tutto fa pensare a un suicidio, ma il padre del ragazzo, noto generale pluridecorato, non accetta l'ipotesi e chiede a Franks di trovare l'assassino del figlio.
Il fortino: Il magazzino prove di Kowalski viene messo sottosopra in seguito a un furto. Per il trauma, l'anziano agente rassegna le dimissioni. L'NIS scopre una verità molto più complicata di quanto sembrava all'inizio.
Monsoni: Peter Rice, ex caporale dei Marine e veterano, viene trovato morto nell'accampamento di senzatetto in cui viveva. Un altro veterano senzatetto conduce Franks sulla scena del crimine, ma l'unico testimone fugge terrorizzato.
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