Tutto come prima: Nikita è rimandata alla Sezione Uno per distruggere una nuova minaccia terroristica che solo lei può affrontare, che è una riunione al vertice di rappresentanti di diversi gruppi terroristici. È unita a un nuovo agente di livello 5, Marco O'Brien. O'Brien era l'ufficiale di polizia reclutato quattro anni prima a causa di un errore commesso da Nikita, un fatto che O'Brien non ha dimenticato. Nikita ritiene che, oltre ai terroristi, debba trattare con O'Brien e l'ostilità di gran parte del personale della Sezione a causa del suo ruolo nella valutazione della Sezione da parte del Centro.
La ragazza che non c'era: Nikita trova indizi sul perché è stata reclutata in Sezione. E' possibile che suo padre sia stato un agente, il nome in codice Flavius, e che abbia un fratello con la "M" iniziale in cui abita? Quinn ridisegna il programma di intelligenza artificiale di Birkoff per costruire una replica olografica di Madeline, completa dei ricordi di Madeline e del profilo psicologico. Anche se le operazioni sono molto compiaciute di avere ancora una volta Madeline, è evidente che, nonostante la programmazione complessa, non è capace di essere Madeline perché non ha i suoi istinti.
La scoperta: Dopo l'esplosione a casa del padre di Nikita, Nikita arruola Walter e poi Jason Crawford per decriptare il suo contenuto. Il risultato, il luogo della casa di convenienza dove Michael ha preso Adrian dopo il disastro del "Processo di Galileo". E questo coincide con il deterioramento fisico di Nikita a causa della sua esperienza con il "processo di Galileo". Michael o il vero padre di Nikita le hanno dato le informazioni di cui ha bisogno per sconfiggere questi effetti? O Nikita si dirige inevitabilmente verso lo stesso posto che Adrian è finito, cioè la tomba? Nel frattempo, O'Brien tradisce Nikita, rivelando la sua salute deteriorante alle operazioni, ma non si assicura che O'Brien sia in grado di resistere ai "quadri" di Nikita. O'Brien con il suo agente di toro, Golliak. E Sezione Uno continua a cercare di "Il Collettivo"
Palcoscenico: Dopo che qualcuno viola la Sezione e entra nella sua stanza, Nikita è più determinato che mai a scoprire la verità sul perché è stata portata in Sezione. La sig.ra Jones ha deciso di rivolgersi personalmente con il nome di Massima Valenti. Le operazioni dicevano la verità in "Deja Vu All Over Again" quando disse a Nikita che "il signor Jones non è quello che sembra essere..." Nikita sta facendo un grosso errore nel spingere la questione? Nel frattempo, Quinn continua a mettere i "movimenti" sulle operazioni, ma cosa sta veramente facendo?
L'eminenza grigia: Il padre, il vero signor Jones, invece di essere una riunione "emotiva", il signor Jones è tutto un affare, e immediatamente propone a Nikita una nuova missione. I due candidati del signor Jones: Operazioni o Marco O'Brien. Il signor Jones pensa che sia quest'ultimo, ma Nikita sospetta il primo. Così Nikita si propone di trovare il "mole". Nel frattempo, i due co-capi di The Collective, Graff e Haled si scontrano con le tattiche e si fidano dell'intel "mole" della Sezione 1. Michael finalmente si presenta, ma non fino all'ultima scena!
Il male degli uomini: Il "mole" di The Collective si è ridotto a quattro sospetti: Operazioni, Quinn, Walter e il defunto Marco O'Brien, ma il signor Jones ha la quinta possibilità che Michael Samuelle sia ancora vivo e che sia il "mole". Nel concedere al signor Jones la possibilità teorica che Michael sia vivo, Nikita nega che non sarebbe mai il "mole" per il collettivo, Graff e Haled. Nel frattempo, le operazioni prevedono personalmente che una missione anti-collettiva vada secondo i piani, ma è The Collective che è in grado di far saltare l'aereo delle Operazioni dal cielo! Nikita può e vuole salvare il sedere delle Operazioni, un'ultima volta o dovrebbe anche disturbarla?
Il figlio: La situazione è terribile, come il Collettivo, ancora guidato da Graff e Haled, sta pulendo l'orologio della Sezione. Ma, giusto in tempo, Michael chiede a Nikita di aiutarlo a tornare in Sezione, dove la sua riemergere è vista con sospetto sia da Jones che da Operations. Mentre le nuove missioni continuano contro Il Collettivo con il ritorno di Michael, Nikita ammette di avergli mentito in "Quattro anni luce", e che lo ama davvero. Le operazioni scoprono che il Collettivo si è infiltrato nella cornice principale della Sezione per cercare di localizzare e rapire il figlio di Michael Adam, nel tentativo di riassegnare il suo controllo. Lamina delle operazioni I progetti del collettivo?
Ogni cosa a suo tempo: Il figlio di Michael, Adam è un ostaggio di The Collective. Michael deve salvare suo figlio in un commercio proposto da The Collective. Nel frattempo, Haled si trova di fronte a un'offerta per sbarazzarsi di Graff, che porta Haled a diventare il capo impiegato. Nikita e Michael lo fanno, ma questo non va bene perché Haled non è più vivo. Questo non sembra troppo buono per Michael. Due nuovi candidati, Myra Mauk & Kelley sperano di trovare un posto in Sezione. Walter non aveva la migliore storia con Myra, quindi chiede a Jason Crawford di portarla fuori dalla corsa. Altri scambi sono offerti più tardi nell'episodio. Nikita sta gestendo la Sezione 1 e lascia che Michael passi del tempo con suo figlio. Nikita dice che l'addio a Michael è un dovere alla Sezione 1.
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